Salah satu keuntungan menanam sayuran di dalam pot adalah mudah dalam pengendalian hama dan penyakit. Hal ini karena dalam satu pot hanya terdapat satu jenis tanaman sehingga penularan penyakit lewat akar jarang terjadi. Kondisi tanaman sayuran perlu diperiksa setiap hari agar terhindar dari serangan hama dan penyakit yang merusak tanaman. Apabila ditemukan ulat atau kutu maka harus segera diambil dan dimatikan.
Penyakit yang sering menimpa tanaman sayuran biasanya disebabkanoleh virus, bakteri, atau nematoda. Penyakit yang disebabkan oleh bakteri antara lain kudis, bercak daun, busuk lunak, layu pembuluh, dan puru. Tanaman yang terinfeksi virus ditandai dengan terjadinya penurunan produksi dan perkembangan yang terhambat, bahkan tanaman menjadi kerdil, sedangkan serangan virus dicirikan dengan daun tanaman yang menguning atau kecokelatan.
