Sifat self incompatible dan self compatible pada bunga cokelat tergantung pada jenisnya. Misalnya, klon DR 1 diketahui memiliki sifat self incompatible sehingga penanamannya harus polyclonal. Demikian juga klon-klon PBC dari Malaysia yang tinggi produksinya, sebaiknya ditanam secara polyclonal. Jenis Upper Amazone Hybrids dan Trinitario kebanyakan bersifat self incompatible.
Self incompatible merupakan sifat bunga cokelat yang proses pembuahannya tidak berlangsung dengan baik bila putik dibuahi oleh tepung sari dari pohon sejenis. Self compatible merupakan sifat bunga cokelat yang proses pembuahannya berlangsung dengan baik bila putik dibuahi oleh tepung sari dari pohon sejenis. Ada tigal hal penyebab kompatibilitas tersebut, yaitu gametophytic, sporophytic, dan heteromorphic. Terjadinya self incompatible karena terhentinya pertumbuhan tabung tepung sari di dalam putik.
Sifat self incompatible ini sangat menguntungkan dalam usaha mendapatkan bahan tanam hibrida F1 unggul karena penyerbukan buatan tidak lagi diperlukan. Biji yang dikumpulkan dari tetua self incompatible merupakan biji-biji hibrida F1 yang dapat digunakan sebagai bahan tanam. Sifat self incompatible tidak akan berubah sekalipun terjadi perubahan kondisi lingkungan maupun teknik budi daya.
Sifat self incompatible juga memberi kemungkinan untuk mendapatkan varietas sintetik karena adanya persilangan secara bebas antarpohon induk terpilih.
